A região lagunar Iguape-Cananéia é formada por um conjunto de ilhas que cercam grande massa de água salobra. Apresenta um configuração bastante complexa, sobretudo pelo formato alongado e estreito que caracteriza a porção situada mais ao sul.
O corpo principal do sistema lagunar forma um canal de largura média de 1 km, com comprimento de 75 km, seguindo paralelamente à costa, limitada ao norte e ao sul pelas Barras de Icapara e de Cananéia.
O leito principal na altura de dois terços de seu comprimento (em direção ao sul), reparte-se em dois braços: um externo, Mar de Cananéia, e um interno, Mar de Cubatão, que delimitam a Ilha de Cananéia. Na parte Sul, situa-se a Baía de Trapandé, correspondente à zona mais ampla do sistema.
A Ilha do Cardoso encontra-se separada da Ilha de Cananéia pelo Mar de Dentro e pela Baía de Trapandé.
O clima apresenta-se como tropical úmido sem estação seca, sendo a temperatura média mensal o fator de variação entre eles.
A vegetação é composta por vestígios de mata atlântica, mas a predominância é de vegetação de mangue e restinga, como pode-se observar na foto abaixo.