Formada em medicina, Scully acredita que há uma explicação científica e lógica para todos os Arquivos X, porém durante os anos ao lado do Agente Fox Mulder Scully tem ficado meio confusa en relação aos Arquivos X e em alguns casos não conseguiu explicações que a satisfisecem.

Contra a vontade de seus pais ela foi para Escola de Medicina do Quântico, onde lecionou na academia de treinamento do FBI por dois anos. E foi pelo seu ceticismo que foi designada para trabalhar com o Agente Especial Fox Mulder, no intuito de desbancar as teorias pouco ortodóxas de seu parceiro.

Após dois anos trabalhando nos Arquivos X, Scully foi raptada (supostamente por extraterrestres), e apareceu misteriosamente num lago, exames comprovaram que ela estava estéril, provavelmente por causa dos testes que lhe fora submetida. Ela descobriu que tinha um implante na sua nuca, o mesmo implante controlava o seu cancer, uma vez ele foi retirado e o seu cancer voltou a avançar, até que o Canceroso lhe trouxe outro implante e este foi colocado novamente na sua nuca.